home

=**Trabajos de los alumnos de Ingeniería Genética de Microorganismos de la Universidad de León (Curso 2008-2009)**=

A cada alumno se le ha proporcionado una secuencia solapante de 17.000 pares de bases procedentes de un microorganismo desconocido. Dichas secuencias de DNA no están todavía anotadas en las bases de datos.

El trabajo final de la asignatura debe estar colgado en esta Wiki antes de las 11 de la noche del día 6 de Julio de 2009. A partir de ese momento cortaré la posibilidad de modificar vuestras páginas.

Cada alumno deberá trabajar con la secuencia asignada, manejar una gran variedad de programas de bioinformática y obtener, al menos, los siguientes datos:

1.- Microorganismo del cual procede la secuencia.
 * Situación taxonómica

2.- Análisis informático de la secuencia mediante el programa ARTEMIS
 * Proteínas codificadas por la secuencia (ORFs)
 * Elección de una o varias proteínas interesantes de la secuencia

3.- Análisis del gen que codifica para la/s proteína/s elegida/s
 * Diseño de primers para la amplificación del gen/es por PCR
 * Diseño de primers para amplificar fragmentos internos del gen/es y comprobar si dicho gen/es son esenciales o no para el microorganismo.
 * Búsqueda informática de promotores, terminadores, secuencias señal,…

4.- Análisis de la/s proteína/s elegida/s
 * Diseño de primers para amplificar los genes que codifican para la/s proteína/s de interés con colas de histidina para su rápida purificación
 * Estudio de la/s proteína/s por bioinformática (dominios conservados, hidrofobicidad, estructura, características bioquímicas…..)
 * Mutagénesis in vitro del gen/es que codifican para la/s proteína/s elegida/s.
 * Diseño de primers para realizar fusiones génicas entre la/s proteína/s de interés con la proteína fluorescente verde para estudiar su localización celular o su concentración a lo largo del crecimiento del microorganismo.

5.- Escritura de un informe en castellano de la actividad realizada como si fuera un típico trabajo de investigación que iba a ser enviado para publicación a una revista científica. Para ello los alumnos aprenderán a utilizar el manejo de Wikis y del [|RefWorks] (programa de manejo de bibliografía y escritura de trabajos científicos disponibles en la [|ULE] para alumnos y profesores).